Katolickie Liceum Ogólnokształcące w Krośnie powstało z inicjatywy Stowarzyszenia Przyjaciół Katolickiego Społecznego Liceum Ogólnokształcącego w Krośnie.
Szkoła została wpisana do ewidencji niepublicznych szkół i placówek Kuratora Oświaty w Krośnie w dniu 2 czerwca 1997 roku pod numerem IX/97. Na wniosek organu prowadzącego, decyzją Kuratora Oświaty w Krośnie z dnia 2 czerwca 1997 roku, szkoła otrzymała uprawnienia szkoły publicznej. Placówka miała siedzibę w budynku katechetycznym krośnieńskiej parafii farnej przy ulicy Portiusa 6. Jako instytucja szkoła rozpoczęła działalność w dniu 1 września 1997 roku. Na mocy umowy zawartej pomiędzy Stowarzyszeniem Przyjaciół Katolickiego Społecznego Liceum Ogólnokształcącego w Krośnie, założycielem i właścicielem szkoły a Zgromadzeniem Świętego Michała Archanioła, Katolickie Liceum Ogólnokształcące w Krośnie zostało przekazane Zgromadzeniu Księży Michalitów. We wrześniu 1999 roku szkołę przeniesiono do budynku przy ulicy Grodzkiej 6.

Zakupiony przez Zgromadzenie budynek dawnej Wojewódzkiej Biblioteki Publicznej wymagał gruntownego remontu, a równocześnie adaptacji dla potrzeb edukacji. Modernizacji obiektu dokonano w oparciu o posiadaną i uzgodnioną ze stanowiskiem konserwatorskim dokumentację projektową. Prace remontowe zakończono w marcu 2001 roku.


Dnia 26 marca 2001 roku odbyła się uroczystość poświęcenia szkoły. Aktu poświęcenia dokonali: abp Józef Michalik Metropolita Przemyski i Przełożony Generalny Zgromadzenia Św. Michała Archanioła - ks. Kazimierz Tomaszewski.